1、费用不同：通过沪深交易所买卖国债，会双向收费，即买或者卖都要收费，每个证券公司的收费略有不同，通过银行交易的，每次交易都不收费，只有开户费10元。
2、交易时间不同：在股市，是利用交易撮合系统，两个交易者相互交易，跟股票是一样的，而在试点银行柜台，是投资者和银行之间进行交易，银行起到做市商的作用，在规定的交易时间内你随时都可以买卖国债。
3、买卖方式不同：银行鼓励投资者长线持有，所以银行每天报出的客户买入价高于客户卖出价，即当天用户从银行买进的价格，高于卖给银行的价格，通过沪深交易所买卖国债，用户需要有开一个账户，可以开沪深股东账户，可以买卖两市上市交易的股票、基金、公司债、国债等。
扩展资料：
国债注意事项：
1、投资电子式储蓄国债开户必须用实名制，不能找别人代办，一个姓名也只能开一个国债账户。
2、新发行的记账式国债通过全国的银行间债券市场、证券交易所市场发行，全部进行竞争式招标，同时也是通过交易所系统进行交易，可以记名、挂失。
3、投资者在进行投资时，需要在证券交易所设立账户，由于记账式国债的发行和交易都是无纸化的，所以效率高，成本也较低。
4、用户在开立个人国债托管账户的同时，还应在同一承办银行开立(或者指定)一个人民币结算账户(借记卡账户或者活期存折)作为国债账户的资金账户，用以结算兑付本金和利息。
参考资料来源：搜狗百科-国债
参考资料来源：搜狗百科-国债期货
参考资料来源：搜狗百科-储蓄国债
参考资料来源：搜狗百科-电子式国债
参考资料来源：搜狗百科-购买国债